​背景：智力障碍(ID)是法国大学医院遗传科患者转诊的主要原因。全基因组测序(WGS)作为一种一线诊断方法，预计其诊断率将高于法国国家参考策略(RefStrategy，包括脆性X综合征检测、染色体微阵列分析和44个ID基因检测套餐)，这是因为WGS具有更广泛、更均匀的覆盖范围，以及检测拷贝数变异、结构变异和基因间/深内含子的致病变异能力。

方法：DEFIDIAG是一项全国性、前瞻性试点研究，在法国基因组医学计划框架下开展，旨在真实临床和实验室工作流程中比较全基因组测序三联体分析(WGS-trio)(先证者、父亲、母亲)与RefStrategy的诊断率。两种策略以盲法方式应用于1239名ID先证者(50%为已检测患者，50%为未检测患者)，这些患者均无明确遗传诊断。作为研究性对比，另对187名患者追加WGS-solo(仅先证者)检测，作为WGS-trio和RefStrategy的补充。

结果：

①通过大规模前瞻性数据验证，在“未接受过检测”组，WGS-trio诊断率为41.9%；加入VUS+后上升至约56%。

②在研究涉及的1239例患者中，共鉴定出442个致病性单核苷酸变异，涉及231个基因，其中62.6%的基因为单次出现。并检测79个拷贝数变异(CNVs)和10个结构变异(SVs)，发现了RNU4-2基因的重复出现致病变异，提示其可能是此前遗漏的重要致病原因。

③不同诊断策略之间的比较结果显示，即使单独使用WGS-solo也能达到29.9%的诊断率，优于传统参考策略的21.9%。但55%病例仅通过WGS-trio确诊，强调家系数据关键作用。

④功能富集分析显示，致病基因显著聚集于几个关键生物学通路。其中染色质修饰相关基因最为突出(137例)，其次是代谢过程(134例)和突触功能(102例)。基因频率统计显示，DDX3X、MECP2和RNU4-2位居前列，反映了这些基因在ID中的重要地位。

⑤按疾病严重程度进行分层分析发现，重度智力障碍患者的诊断率最高，达到47.8%，而轻度患者为36.2%。

⑥WGS在WES阴性患者中仍实现21%确诊，中位诊断时间从8.6年大幅缩短，12个基因被认定为可干预靶点。

结论：在法国诊疗环境中，WGS(包括solo)作为智力障碍诊断的一线检测手段，显著提高了总体诊断率，优于现行国家参考策略。