启动子不同，基因的表达状态可能也不同，一些启动子能一直保持活性状态，而另外一些会受到更严格的调控。受调控的启动子可能只在特定的组织或生长阶段起作用，启动子的开关可能还会受到诸如化学物质、环境温度、光照条件等环境因素的影响。在细胞中，启动子受到很多其它调控因子的控制，如增强子、绝缘子和沉默子等。

启动子是基因表达调控中的重要组成部分，它通过与RNA聚合酶相互作用，决定了基因转录的起始点和效率。启动子的结构和序列特征对于它与RNA聚合酶的亲和力有很大影响，进而影响了基因的转录水平。启动子本身不会被转录成RNA，但它对于确保正确的转录起始至关重要。研究启动子的结构和功能，对于理解基因表达调控机制具有重要意义。

启动子主要有以下特征：

序列特异性：

在启动子的DNA 序列中，通常含有几个保守的序列框，序列框中碱基 的变化会导致转录启动活性的改变。

方向性：

启动子是一种有方向性的顺式调控元件，有单向启动子和双向启动子两类。

位置特性：

启动子一般位于所启动转录基因的上游或基因内的前端。处于基因的下游或在基因的上游但离所要启动的基因太远的启动子，一般都不会起作用。

种属特异性：

原核生物的不同种、属，真核生物的不同组织都具有不同类型的启动子。但一般来说，亲缘关系越近的两种生物，其启动子通用的可能性越大。